"Php как и Python переводят текст программы в байт-код. Далее байт код выполняется на виртуальной машине языка. Виртуальная машина php - это Zend Engine 2.
Ставить на сервак такие вещи как eaccelerator.ru(http://eaccelerator.ru/) стало нормой. Да в php не сохраняют байт код в отдельных файлах, а использует дополнительные расширения для кеширования байт кода. Поэтому зря вы отослали Epsiloncool учить матчасть.
По поводу ссылка на замеры скорости.
Например я очень редко сталкивался с web проектами сильно нагруженными математически. Ну правда редко, тестировать "математику" на php, ну конечно же можно. Только вот зачем? Синтетические тесты на математику или подобные задачи не отражают реальных положение вещей.
Хорошим аргументом было бы приведение теста где одну и ту же простую задачу(например создать простой сайт) реализовывали бы опытные программисты(соответственно питоновод и пыховец) и посмотреть в итоге на объем кода и на скорость.
Я исхожу из того что основные тормоза на РЕАЛЬНЫХ проектах рождены плохой архитектурой и криворукостью программеров. При прочих равных условиях различия в скоростях для конечного пользователя не существенны.

На всякий случай. Сам сейчас медленно мигрирую на Python. Так как в php действительно нет многого. Нет потоков (хотя и на Python'e с этим не все хорошо), меньше возможностей для асинхронного программирования (чего только стоит сравнить код phpDeamon с его использованием libevent и аналогичные ассинхронные сервера на Pythone).
На Pythone ряд вещей делаются просто изящно, а на php аналогичные вещи реализуются с гораздо большими проблемами. И вот на таких задачах (а не просто сайт визитка) можно действительно серьезно выиграть в скорости."

1. Как программист слабо знаю все вышеперечисленные языки/среды (у меня навыки программирования остались на уровне Visual Studio 6, Delphi 4, FoxPro 2.6 и 1С 7.7 )

2. Считаю, что люой инструмент нужен для определенной цели. Где-то лучше PHP. В каких-то задачах, возможно, лучше perl и т.д.